1、 敦煌種業被評為農業產業化優秀龍頭企業。經農業部、國家發改委、財政部、商務部、中國人民銀行、國家稅務總局、中國證監會、中華全國供銷合作總社等單位以農經發 [2005]19 號聯合發出《關于表彰全國農業產業化工作先進單位、先進工作者和優秀龍頭企業的決定》，對在農業產業化工作中做出突出成績的 100 個先進單位、 335 名先進工作者和 100 家龍頭企業進行了表彰，并頒發了獎牌和證書，敦煌種業作為我市唯一一家、全省四家、全國百家優秀龍頭企業之一受到了表彰。同期，公司經農業部評審，于2005年12月被認定為農產品加工企業技術創新機構。
2、 甘肅敦煌種業果蔬制品建設項目竣工。2006 年 2 月 18 日，公司舉行甘肅敦煌種業果蔬制品建設項目竣工及敦煌種業果蔬制品有限公司開業慶典議式，酒泉市委書記李沛文等領導參加了儀式。項目投產后，可日處理蕃茄醬 35 噸，日產蕃茄粉 12 噸，年產蕃茄粉 3000 噸。目前項目已達產達標，企業已通過了國際ISO9001質量管理體系認證、ISO14001環境管理體系認證、HACCP（嗨斯庫）管理體系認證和尤太潔食體系認證，產品質量均達到了國際質量標準。
3、 敦煌種業數字信息化建設初見成效，公司網站被評為2006中國農業網站100強。近年來，敦煌種業先后購進高性能服務器和相關配套設施設備以適應現代化辦公、經營業務需要的軟件系統，成立了網絡中心，已初步建成覆蓋全公司21家單位的OA辦公自動化網絡、電算化財務管理網絡和商品棉電子撮合交易及期貨貿易系統。成立于2005年10月的公司網站現已刊載各類信息千余條，訪問量達百余萬人次，搜索排名已穩居前列。2006年，由農業部信息中心、中國互聯網協會、中國電子商務協會聯合舉辦的“2006中國農業網站100強”評選活動，敦煌種業網站（m.zhongzixs.com）作為酒泉唯一一家企業網站入選。12月20日， “2006中國農業網站100強頒獎盛典”在北京梅地亞中心召開，敦煌種業榮獲百強網站稱號。
4、 敦煌種業順利完成股權分置改革。在甘肅省證監局的指導下，公司于2006年4月15日開始，正式進入了股改程序。原股改方案兌價標準為每10股送2.8股，方案公告后經與流通股股東充分溝通，兌價方案調整為10送3.2股，非流通股股東向流通股股東兌價共支付2400萬股。兌價完成后，流通股由7500萬股增加到9900萬股，非流通股由11096.64萬減少為8696.64萬股，減少21.63%，持股比例第一大股東將由26.88下降為20.65%，股權分置改革于在9月底順利完成。
5、 敦煌種業號旅客列車開通。8月5日18：30，由敦煌種業冠名的蘭州～敦煌首趟旅客列車敦煌種業號（N915/916次）開行儀式隆重舉行。借此機遇，公司加強了鐵路發運協調工作，專門成立鐵路發運協調辦公室，積極協調溝通，成功進入了鐵路大客戶名單，產品發運難的問題得以有效解決。
6、 公司深化內部管理體制改革。為切有效增強抗風險能力，提升主營業務競爭力，公司召開品牌與網絡優化整合規劃會議，討論確定了敦煌種業實施品牌戰略，優化整合營銷網絡，建立適應市場經濟發展要求的現代企業營銷管理體系的措施、辦法和途徑；以精簡機構、競聘上崗、降低費用、強化責任、創新機制為目的，研究出臺了《關于深化棉花企業內部管理體制改革的意見》，實行產銷分離經營，實現以期貨、電子撮合、集中銷售為主要交易形式，進一步理順了內部管理體制。
7、 敦煌種業聯手美國杜邦成立敦煌種業先鋒良種有限公司。敦煌種業股份有限公司與美國杜邦旗下全資子公司—先鋒國際良種公司為整合雙方人才、管理、產品技術和資本優勢，共同開拓中國春玉米種子市場而成立的中外合資企業，雙方共同出資2000萬美元，由敦煌種業控股,主要從事玉米雜交種的研發、生產、加工、銷售及與此相關的業務。其經營宗旨是：通過使用雙方的先進技術和專有技術，加強雙方之間的經濟和技術合作，生產商品玉米雜交種子以及公司董事會決定的其它產品，提高國內市場現有的玉米雜交種子的質量。作為中國種業首家利用國外品種和相關資源、甘肅省第一家與世界500強企業聯手、酒泉唯一的一家中外合資企業，敦煌種業先鋒良種有限公司集雙方管理優勢、技術優勢、人才優勢、資本優勢于一體，充分利用了中國對外開放的優越政策和當地的優越制種資源，具有十分美好的發展前景。它是敦煌種業和先鋒公司發展歷程中的大事，也是酒泉、中國西部乃至全國種業發展的重要事件，它為促進種業走出國門搭建了一個重要的合作交流平臺，對全面提升敦煌種業的市場形象和競爭實力，加速西部乃至全國種業發展，促進酒泉對外開放和推動地方經濟再上新臺階等，都具有十分重要的現實意義和長遠戰略意義。
8、 敦煌種業新育成鮮食番茄紅樽1號（T-32）和加工番茄Z00-73兩個新品種并投入經營開發。公司近年利用現代生物工程技術、核輻照技術和航天育種技術，組織實施了一批玉米、西瓜、加工番茄等自主品種選育研發項目。經過幾年努力，育成鮮食番茄紅樽1號（T-32）和加工番茄Z00-73兩個新品種，經2004-2006年多點試驗示范表現優異，于2006年8月通過市科技局組織的專家鑒定，研究成果分別達到省內先進和國內先進水平。兩個品種中，鮮食番茄紅樽1號（T-32），果實整齊度高，風味佳，口味酸甜適中，汁含量中等，產量6000kg/畝，豐產、中熟、品質優良、耐貯運性強、抗晚疫病、灰霉病等病害，適宜在重慶、山東、河南、甘肅省及其相類似區域進行露地或保護地種植。加工番茄Z00-73屬自封頂早熟品種，適合做番茄醬、脫水番茄加工所用，抗晚疫病、葉霉病，中抗早疫病，適宜于酒泉市、張掖、新疆烏魯木齊、石河子及其相類似區域種植。兩個品種都已交付公司營銷部門正式經營開發。
9、 敦煌種業總部喬遷新址。為解決公司辦公條件，總部于2006年10月7日正式遷入酒泉市肅州區肅州路28號辦公。
10、 公司涌現一批先進單位和先進人物。酒泉市委、市政府召開表彰大會，公布了2005年度全市工業項目和工業招商引資項目獎勵名單，敦煌種業年產3000萬條包裝袋生產項目、年產3000噸果蔬粉生產項目，項目引薦人王大和先生獲得重獎。6月28日，中共酒泉市委召開酒泉市紀念中國共產黨成立85周年暨先進性教育活動總結表彰大會，敦煌種業酒泉市種子公司經理、支部書記張振堂同志被大會授予優秀黨員稱號。7月24日，酒泉市人民政府做出決定，授予公司監事段學義 “酒泉市重大科技貢獻獎”，頒發榮譽證書，獎勵10萬元。9月10日，敦煌種業召開會議，授予敦煌種業河南新科種子開發有限公司、敦煌種業酒泉市種子公司、敦煌種業安西縣棉花公司先進企業稱號；授予敦煌種業種子開發中心蕃茄育種課題組選育的加工蕃茄品種Z00—73和鮮食蕃茄品種T032科技成果獎；授予李繼剛、孟學義、王維政、王善廣、劉天禎、謝振海、李象春、高德銀等8人優秀管理者稱號，授予秦芳、趙建喜、劉國華、殷積斌、李占新、薛臣昌、馮忠、武興耀、于風霞、王天軍、劉青、田正暢、劉銳、陳亞萍、王榮興、王紅梅、何述年、李剛、王成懷、王東、黃相基、王昱、韓多波、肖紅軍、張學彥、王建、俞建斌、殷萬鈞、宋天軍、呂存玉、鄭洪忠、石生江、黨莉、王耀軍、胡金平等35名同志先進工作者稱號。
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